近年来，随着高效种植业的发展，化肥农业的“弊端”日益显现，国际国内相关人士对绿色农业（有机农业）的呼声不断提高。虽然一些大型养殖企业的牲畜，家禽粪便及农田秸秆能够大量回归土地，但是一些家庭和小型养殖场的畜禽粪便直接或远程运输到田间带来的副作用不容忽视。
一、引进外地有机肥源应注意防假、防劣、防虫。近年来，一些蔬菜产区（包括冬暖棚、拱棚），因产值效益高，有机肥和化肥投入加大，且连年投入，很多生鸡粪是从外地养殖区内购进的。难免在运输中掺假，造劣，并带来病菌虫卵。大家应该知道，在畜禽养殖比较集中的地方，掺混饲料差异很大，尤其是骨粉，不少商家用贝壳粉掺混，其中夹杂着大量蜗牛卵粒，而在饲喂畜禽后产生的粪便中寄生繁殖传播，其它细菌、真菌、蚊蝇卵也在传播途中。因此，引进外地有机肥源特别要注意，以减少不必要的投入。
二、配合使用生物菌肥和杀虫剂。有机肥的使用需要充分腐熟，并添加适当的有益微生物和杀虫剂。而使用生物菌肥后可解磷解钾协调微量元素，增加土壤有机质。杀虫剂 （如辛硫磷颗粒剂）对地下害虫有杀灭效果，另外应配合使用正规厂家的各种专用肥料，避免伪劣假冒产品对农民利益的侵害，维护经营者和农户的共同利益。
三、开发当地有机肥源利大弊小。开发当地的有机肥源，目前还有一定困难，因为各乡村大多受经济条件、人力条件的限制，但是如果有相关的政策加上市场引导，一定会产生“功在当今，利在后世”的长远功效。一方水土养育一方人，一届政府造福当地百姓，让脚下大地形成沃土，减少因引进外地有机肥源带来的防病、防虫、运输等成本的提升，已成为经营者、使用者共同的期盼。
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